2025두35623   법인세경정거부처분취소   (아)   상고기각

[합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금과 관련하여 공제기준인 ‘각 사업연도 소득’의 범위가 ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액’에 한정되는지 여부가 문제된 사건]

◇합병법인이 승계한 피합병법인 이월결손금의 공제한도를 계산함에 있어서 구 법인세법 제13조 단서에서 정한 ‘각 사업연도의 소득’의 의미◇

  구 법인세법 제13조 본문 및 제1호 전문은, 내국법인의 법인세 과세표준을 계산할 때 각 사업연도의 소득의 범위에서 ‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’을 이월결손금으로서 공제하도록 규정하면서, 같은 조 단서(이하 ‘이 사건 단서 조항’이라 한다)에서 조세특례제한법 제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 위 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 60(2018년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 개시하는 사업연도는 100분의 70을 말한다)으로 한다고 규정하고 있다.

  한편 구 법인세법 제44조의3 제2항은, 적격합병의 요건을 충족하여 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우, 과세상 기업으로서의 계속성을 인정한다는 취지에서, ① 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1호의 결손금, ② 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, ③ 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 합병법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다고 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 제45조는, 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액)의 범위에서는 공제하지 아니한다고 규정하는 한편(제1항), 구 법인세법 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액’의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다고 규정하고 있다(제2항). 구 법인세법 제45조 제5항은 위 제2항의 규정에 따른 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 결손금의 계산, 양도받은 자산의 처분손실 손금산입, 승계받은 사업에서 발생하는 소득금액에 해당하는 법인세액의 계산 등에 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록 규정하고 있다.

  구 법인세법 제45조 제5항의 위임에 근거하여 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조 제2항은, 구 법인세법 제45조 제2항에 따라 합병법인이 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 승계하여 공제하는 결손금은 합병등기일 현재의 피합병법인의 구 법인세법 제13조 제1호에 따른 결손금(합병등기일을 사업연도의 개시일로 보아 계산한 금액)으로 한다고 정하고 있다. 한편 구 법인세법 제113조 제3항 본문은, 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다고 규정하면서, 제1호에서 ‘합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금이 있는 경우 또는 제45조 제2항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우: 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간’으로 정하고 있다.

  이 사건 단서 조항 및 앞서 본 관련 규정의 문언과 체계, 취지 등을 종합적으로 고려하면, 적격합병의 요건을 충족하는 경우 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금은 ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액’에 대하여 이 사건 단서 조항이 정한 공제한도 비율을 곱한 한도 내에서 공제할 수 있는 것이지, 합병법인과 피합병법인의 소득을 구분하지 않고 ‘합병법인 전체의 소득금액’에 이 사건 단서 조항의 공제한도 비율을 곱한 액수가 공제한도가 된다고 볼 수 없다.

☞  원고는, 피합병법인을 흡수합병하면서, 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액에 대하여 구 법인세법 제13조 단서에서 정한 공제한도 비율을 적용해 계산된 한도 내에서 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 공제하는 내용으로 법인세 신고를 하였다가, 원고 전체의 소득금액에 대하여 구 법인세법 제13조 단서에서 정한 공제한도 비율을 적용해 이월결손금 공제한도를 계산하여야 한다는 이유로 경정청구를 하였는데. 피고가 그에 대한 거부처분을 하자, 원고가 그 거부처분의 취소를 청구한 사안임

☞  원심은, 적격합병의 요건을 충족하는 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금 공제한도를 계산함에 있어서 구 법인세법 제13조 단서 중 ‘각 사업연도의 소득’은 ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득’으로 한정하여 해석해야 한다고 판단하였음☞ 대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 원심을 수긍하여 상고를 기각함