2021두44944   농지보전부담금 부과처분 취소등 청구의 소   (바)   파기환송

[농지보전부담금 감면규정을 적용하지 않은 채 부과처분을 한 사안]

◇농지법 시행령 제52조와 [별표 2] (주)목에서 정한 농지보전부담금 감면 규정이 부담금 감면에 관한 특혜규정에 해당하는지 여부(적극) 및 위 감면 규정의 해석 방법◇

  가. 1) 농지법은 농지의 소유ㆍ이용 및 보전 등에 필요한 사항을 정함으로써 농지를 효율적으로 이용하고 관리하여 농업 경쟁력 강화와 국민경제의 균형 있는 발전 및 국토 환경 보전에 이바지하는 것을 목적으로 한다(제1조). ‘농지의 전용’은 농지를 농작물 경작 등 농업생산 또는 농지개량 외의 용도로 사용하는 것을 말하고(제2조 제7호), 농지를 전용하려면 농림축산식품부장관의 허가(다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 포함한다)를 받아야 한다(제34조 제1항). 농지전용허가를 받거나 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거친 농지를 전용하려는 자는 농지의 보전ㆍ관리 및 조성을 위하여 농지보전부담금을 납부하여야 한다(제38조).
   2) 농지보전부담금의 부과금액은 아래에서 보는 부과기준일 현재의 제곱미터당 금액에 전용하는 농지의 면적을 곱하여 산출하고, 제곱미터당 금액은 ｢부동산 가격공시에 관한 법률｣에 따른 해당 농지의 개별공시지가의 100분의 30으로 한다[구 농지법 시행령(2019. 6. 25. 대통령령 제29906호로 개정되기 전의 것) 제47조 제2항, 제53조 제1항].
   다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거친 농지를 전용하는 경우의 농지보전부담금 부과기준일에 관하여, 구 농지법 시행규칙(2016. 1. 21. 농림축산식품부령 제195호로 개정되기 전의 것) 제39조 제5호 (가)목은 ‘다른 법률에 따른 인가ㆍ허가ㆍ실시계획승인ㆍ조성계획승인 등을 받은 날 또는 신고를 수리한 날’로 규정하였다가, 2016. 1. 21. 개정으로 ‘다른 법률에 따른 인가 등을 신청한 날 또는 신고를 접수한 날’로 규정하였다.
   3) 농림축산식품부장관은 대통령령으로 정하는 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농지보전부담금을 감면할 수 있다(농지법 제38조 제6항 제3호).
   농지법 시행령이 2014. 12. 30. 대통령령 제25917호로 개정되면서 제52조, [별표 2] (주)목을 신설하여 ｢주한미군기지 이전에 따른 평택시 등의 지원 등에 관한 특별법｣(이하 ‘미군이전평택지원법’이라 한다) 제16조에 따른 개발사업(이하 ‘평택시개발사업’이라 한다)의 시행자가 조성하는 산업단지에 관하여 농업진흥지역 밖에 조성된 경우에는 농지보전부담금의 50%를 감면할 수 있도록 이 사건 감면규정을 신설하되, 다만 그 대상을 2015. 1. 1.부터 2017. 12. 31.까지 농지전용허가를 신청하거나 농지전용 신고를 하는 경우로 제한하였다. 부칙에서 위 개정 시행령은 2015. 1. 1.부터 시행하되, 그 시행 전에 농지전용허가(다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제된 경우를 포함한다)를 신청한 것에 대한 농지보전부담금의 감면은 [별표 2]의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르도록 정하였다(부칙 제1조, 제4조).
  나. 1) 조세 또는 부담금의 감면에 관한 법령 규정 중 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에 부합한다(조세의 감면에 관한 대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결, 대법원 2002. 4. 12. 선고 2001두731 판결, 대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결, 대법원 2020. 6. 11. 선고 2017두36953 판결, 부담금 또는 부과금의 감면에 관한 대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결, 대법원 2012. 5. 10. 선고 2010두11474 판결, 대법원 2017. 4. 13. 선고 2015두36331 판결, 대법원 2022. 12. 29. 선고 2022다218585 판결 등 참조).
   2) 미군이전평택지원법은 주한미군의 기지이전을 위한 시설사업을 원활하게 시행하고 주한미군의 기지가 이전되는 평택시 등 지방자치단체에 대한 지원을 통하여 지역발전을 촉진하며 이전지역 주민의 권익을 보호하는 데에 그 입법목적이 있다(제1조). 위 법은 주한미군의 기지이전을 위한 시설사업을 원활히 시행하기 위하여 제4조 내지 제13조에 이에 관한 인허가의 의제, 각종 부담금의 필수적 면제, 특별회계의 설치 등에 관한 규정을 두고 있다. 위 법은 나아가 제14조 이하에서 평택시 지역 개발에 관한 각종 혜택을 부여하는 규정을 두었으며, 특히 제20조에서 국가 및 지방자치단체로 하여금 평택시개발사업의 원활한 시행을 위하여 필요한 경우 평택시개발사업의 시행자에게 농지법 등이 정하는 바에 따라 농지보전부담금 등을 감면할 수 있도록 하는 규정을 두었다. 이에 따라 농지법 시행령은 앞서 살펴 본 바와 같이 평택시개발사업의 시행자가 농업진흥지역 밖에 조성하는 산업단지에 관하여 2015. 1. 1.부터 2017. 12. 31.까지 농지전용허가를 신청하는 경우에 한하여 농지보전부담금의 50%를 감면할 수 있도록 하는 이 사건 감면규정을 도입하였다.
   따라서 이 사건 감면규정은 부담금 감면에 관한 특혜규정에 해당하고, 농지법 시행령이 2014. 12. 30. 개정되면서 시행일인 2015. 1. 1.부터 향후 3년간 농지전용허가를 신청하는 경우에 한하여 감면을 할 수 있도록 규정한 입법취지에 비추어 공평의 원칙에 어긋나지 않도록 엄격하게 해석하여야 한다.

☞  피고 경기도지사는 당초 개발기간을 ‘2013. 12. 31.까지’로 하여 甲을 사업시행자로 하는 평택 브레인시티 일반산업단지계획을 승인하였음(‘이 사건 승인’). 피고 경기도지사는 이후 개발기간을 연장하는 등의 내용으로 변경 승인․고시를 하였음. 그 과정에서 원고 1이 사업시행자로 추가되고, 원고 2가 甲의 지위를 승계하였음

☞  원심은 이 사건 승인이 개발기간 도과 등의 사유로 실효되어 이 사건 승인에 따라  의제된 농지전용허가의 효력도 함께 소멸되었고, 이후 일련의 변경고시는 새로운 승인으로 보아야 하므로, 구 농지법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28653호로 개정되기 전의 것) 제52조, [별표 2] (주)목에서 정한 감면 요건이 충족되었음에도 피고 농림축산식품부장관이 감면하지 않고 농지보전부담금을 부과한 것은 위법하다고 판단하였음

☞  대법원은, 이 사건 승인과 그 이후 이루어진 일련의 변경고시는 단일한 목적 내지  의사 하에 이루어진 일련의 처분에 해당하며, 그 과정에서 이 사건 사업이 시행되는   대상지역이 부분적인 위치와 면적 외에는 변경되지 않았던 이상, 일련의 변경고시를   통해 의제된 농지전용허가 역시 이와 동일하게 평가할 수 있으므로, 피고 농림축산식품부장관이 부과한 농지보전부담금은 2015. 1. 1. 전에 다른 법률에 의하여 농지전용허가가 의제되는 협의를 신청한 경우에 대하여 부과된 것으로 보아야 하며, 평택시개발사업에 따라 조성되는 산업단지는 이 사건 감면규정에서 정한 감면요건을 충족하지 못하였다고 보아, 이와 달리 판단한 원심을 파기·환송함