2024두57262   종합소득세부과처분등취소청구의 소   (라)   상고기각  
[구 국세기본법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’) 제47조의3 제2항 제2호에 따른 가산세의 부과제척기간 도과 여부가 문제된 사건]
◇구 국세기본법 제47조의3 제2항 제2호에 따른 가산세의 부과제척기간(=5년)◇
  구 국세기본법 제26조의2 제1항은 제3호에서 상속세․증여세 이외의 국세의 부과제척기간을 원칙적으로 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간으로 규정하면서도, 제1호에서 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 ‘부정행위’라 한다)로 국세를 포탈하거나 환급․공제받는 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 규정하고 있는바, 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 납세자가 부정행위를 하였다고 하더라도 그로 인하여 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받지 아니하는 경우에는 원칙으로 돌아가 그 부과제척기간은 5년이 되고, 신고납세방식의 국세에 있어서 해당 국세의 포탈이나 부정환급ㆍ부정공제가 있었는지 여부는 가산세를 제외한 본세액을 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2009. 12. 24. 선고 2007두16974 판결 등 참조). 그리고 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2는 제1호와는 별도로 납세자가 부정행위로 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우에는 그 부과제척기간을 해당 가산세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 규정하고 있다.
  한편 구 국세기본법 제47조의3 제2항 제2호는 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다)에 따른 사업자가 구 부가가치세법에 따라 부가가치세 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 신고한 경우로서 부정행위로 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 각 목의 금액을 합한 금액에 그 과소신고분 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다고 규정하고 있다(이하 위 규정에 따른 가산세를 ‘영세율과세표준 부정과소신고가산세’라 한다).
  이러한 영세율과세표준 부정과소신고가산세는 사업자의 영세율과세표준 신고의무 위반에 대하여 가하는 제재로서 부가가치세 본세 납세의무와 무관하게 부과되는 별도의 가산세이고, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2에 따라 10년의 부과제척기간이 적용되는 별도의 가산세에도 포함되어 있지 않으므로, 그 부과제척기간은 5년이라고 보아야 한다.
☞  피고는 2018. 8. 1. 원고들이 매출을 누락하여 신고하였다면서 2012년 1기분, 2012년 2기분 및 2013년 1기분 부가가치세 신고에 대하여 영세율과세표준 부정과소신고가산세 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’) 등을 하였고, 원고들은 이 사건 처분 등의 취소를 청구함
☞  원심은 영세율과세표준 부정과소신고가산세에는 5년의 부과제척기간이 적용되므로 그 기간이 경과한 후에 이루어진 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였음
☞  대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 원심판결을 수긍하여 상고를 기각함