2022두51031   법인세등부과처분취소   (카)   파기환송(일부)  

[국내사업장을 가진 외국법인이 국내 및 국외에 걸쳐 선박에 의한 국제운송업을 영위하면서 발생한 소득의 법인세 과세대상 해당 여부와 과세표준 증명책임 등이 문제된 사건]

◇1. 국내사업장을 가진 외국법인이 국내 및 국외에 걸쳐 선박에 의한 국제운송업을 영위하면서 발생하는 소득 중 국내에서 승선한 여객이나 선적한 화물에 관련하여 발생한 소득만이 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제93조 제5호에 따른 해당 외국법인의 국내원천 사업소득으로서 법인세 과세표준에 포함되는지 여부(적극) 2. 외국법인의 국내원천소득 총합계액에 포함되는 ‘선박의 외국항행소득’의 존재 및 범위는 원칙적으로 과세관청이 증명하여야 하는지 여부(적극) 3. 부가가치세 영세율과세표준 신고불성실가산세와 관련하여 그 영세율과세표준 확정의 기초가 되는 공급가액이 적법하게 산정되었다는 사정은 원칙적으로 과세관청이 증명하여야 하는지 여부(적극)◇

  1. 국내사업장을 가진 외국법인이 국내 및 국외에 걸쳐 선박에 의한 국제운송업을 영위하는 경우 위 사업에서 발생하는 소득 중 국내에서 승선한 여객이나 선적한 화물에 관련하여 발생한 소득만이 구 법인세법 제93조 제5호에 따른 해당 외국법인의 국내원천 사업소득으로서 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준에 포함된다고 보아야 하고, 국외에서 승선한 여객이나 선적한 화물에 관련하여 발생한 소득은 국내원천 사업소득이 아니어서 법인세 과세표준에 포함되지 아니한다. 그리고 국내원천 기타소득에 관한 구 법인세법 제93조 제11호 (차)목을 근거로 하여서도 국내 및 국외를 불문하고 위 국제운송업에서 발생하는 소득 전부가 국내원천소득에 해당한다고 해석할 수는 없다. 

  2. 과세처분 취소소송에서 과세요건사실의 존부 및 과세근거로 되는 과세표준의 증명책임은 과세관청에 있으므로, 국내사업장을 가진 외국법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준의 기초가 되는 국내원천소득 총합계액에 관한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에 있다. 따라서 외국법인의 국내원천소득 총합계액에 포함되는 ‘선박의 외국항행소득’의 존재 및 범위도 원칙적으로 과세관청이 증명하여야 한다. 

  3. 어떠한 거래에 대하여 영세율 적용 여부의 다툼이 있는 경우 영세율 적용요건에 관한 증명책임은 영세율 적용을 주장하는 자에게 있고(대법원 2024. 4. 12. 선고 2023두58701 판결 참조), 부가가치세 영세율과세표준 신고불성실가산세와 관련하여 그 과세의 근거가 되는 영세율과세표준의 증명책임은 과세관청에 있으므로, 그 영세율과세표준 확정의 기초가 되는 공급가액이 적법하게 산정되었다는 사정에 대한 증명책임도 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 과세관청에 있다고 봄이 타당하다(대법원 1994. 8. 12. 선고 92누12094 판결 등 참조). 

☞  홍콩등록법인인 원고가 과세연도에 따라 국내사업장을 가진 외국법인(2006 사업연도) 또는 국내에 실질적 관리장소를 두고 자동차해상운송사업과 용대선사업을 하는 내국법인(2007~2009 사업연도)에 해당한다고 보아, 피고들이 원고에게 법인세(가산세 포함), 부가가치세 영세율과세표준 신고불성실가산세, 법인세할 주민세 등을 부과⋅고지하자, 원고는 피고들을 상대로 그 각 처분의 취소를 청구함 

☞  환송 후 원심은 ➀ 2006 사업연도 법인세 및 가산세와 관련하여, 원고의 2006 사업연도 손익계산서상 매출수익이 원고가 영위하는 자동차해상운송사업 등에서 발생한 사실을 인정하면서, 그 매출수익은 모두 구 법인세법 제93조 제11호 (차)목의 국내원천 기타소득에 해당한다는 취지로 판단하였고, ➁ 선박의 외국항행소득에 대한 증명책임이 원고에게 있다는 전제에서 원고가 이를 증명하지 못한 이상 위 매출수익에서 선박의 외국항행소득을 공제할 수 없다고 보아 소득공제를 인정하지 않은 피고 과세관청의 조치가 적법하다고 판단하였으며, ➂ 2006년 제1기분 부가가치세 신고불성실가산세와 관련하여, 원고에게 영세율 신고의무가 없는 2006 사업연도의 국외 선적 화물운송에 관한 매출의 존재와 범위에 관하여도 원고가 증명하여야 한다고 보아, 원고가 아무런 자료를 제출하지 않았다는 이유로 피고 1이 원고의 손익계산서상 매출액 전체를 영세율 신고대상 매출로 보고 가산세를 산출한 것은 적법하다고 판단하였음

☞  대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, ① 원고의 2006 사업연도 손익계산서상 매출수익이 오로지 화물의 국내 선적과 관련하여 발생한 소득으로 구성되었다는 점에 대하여 과세관청의 아무런 주장⋅증명이 없는 이상, 위 매출수익 전부가 국내원천소득에 해당한다고 보기 어렵고, ➁ 국외에서 화물을 선적하였는지를 불문하고 원고의 2006 사업연도 손익계산서상 매출수익 전부가 구 법인세법 제93조 제11호 (차)목의 국내원천 기타소득으로서 법인세 과세대상이 되고 ‘선박의 외국항행소득’에 관한 증명책임이 원고에게 있다는 잘못된 전제에서, 원고의 위 매출수익 중 선박의 외국항행으로 인하여 발생한 소득은 구 법인세법 제91조 제1항 제3호에 따라 법인세 과세표준에서 공제되어야 한다는 원고의 주장을 배척한 환송 후 원심판단에 국내원천소득의 구분과 총합계액 산정 등에 관한 법리오해의 잘못이 있으며, ➂ 피고 1이 2006 사업연도 손익계산서상 매출액 전부가 영세율 신고대상이라고만 주장할 뿐, 위 손익계산서상 매출액 전부가 화물의 국내 선적과 관련한 매출액이라는 점에 대한 자료를 제출하지 않았다는 이유로, 환송 후 원심이 원고의 2006 사업연도 손익계산서상 매출액 중 영세율 신고의무가 없는 화물의 국외 선적 관련 매출액의 존재와 범위에 대하여 원고에게 그 증명의 필요가 돌아간다고 판단한 부분에 법리오해의 잘못이 있다고 판단하여 환송 후 원심을 일부 파기·환송함