2019두51512   법인세경정고지처분취소   (사)   상고기각

[구 법인세법 시행령 제110조 제6항 등에 따라 이루어진 처분의 부과제척기간 도과 여부가 쟁점이 된 사건]

◇1. 직전 사업연도 과세표준 및 세액의 경정이 있는 경우, 구 법인세법 시행령 제110조 제6항 등에 따라 당초의 결손금 소급공제 환급세액을 결손금 발생 사업연도의 법인세로 납부하도록 하는 처분이 부과 및 징수처분에 해당하는지 여부(적극), 2. 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호의 부과제척기간 기산일에 관한 특례 규정의 적용 요건◇

  1. 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제1항은 ‘중소기업은 각 사업연도에 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다’고 규정하고, 그 제3항은 관할세무서장이 이러한 환급신청을 받은 때에는 지체 없이 환급세액을 결정하여 환급하도록 규정하고 있다. 구 법인세법 제72조 제5항은 ‘제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우’에는 관할세무서장이 환급세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수하도록 규정하고, 그 제6항은 ‘결손금의 소급공제에 의한 환급세액의 계산 기타 필요한 사항’을 대통령령으로 정하도록 위임하고 있다. 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조 제6항은 ‘당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우’에는 관할세무서장이 즉시 당초의 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액상당액을 징수하도록 규정하면서, 과다하게 환급한 세액상당액을 징수할 때에는 제5항의 규정을 준용하도록 하고, 그 제5항은 구 법인세법 제72조 제5항에서 위임한 이자상당액의 계산방법을 정하고 있다. 
  이러한 법인세법 관련 규정의 내용과 체계 등에 비추어 보면, 구 법인세법 시행령 제110조 제6항 등에 따른 이 사건 처분은 2006 사업연도 법인세의 부과 및 징수처분으로 보아야 한다.
  2. 구 국세기본법 시행령(2009. 2. 6. 대통령령 제21316호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조의3은 부과제척기간의 기산일을 ‘세액을 신고하는 국세’의 경우 원칙적으로 ‘당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날’로 하되(제1항 제1호), ‘공제․면제․비과세 또는 낮은 세율의 적용 등에 따른 세액을 의무불이행 등의 사유로 인하여 징수하는 경우’에는 제1항의 규정에도 불구하고 ‘당해 공제세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날’로 정하고 있다(제2항 제3호).
  이러한 관련 규정의 문언과 체계 및 입법취지, 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합적으로 고려하면, 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호는 납세의무자가 일정한 의무를 이행할 것을 조건으로 세액공제 등의 혜택을 받은 후 당초의 의무를 이행하지 않아 과세관청이 공제세액 등을 추징하는 경우나 이에 준하는 경우에만 적용되는 규정으로 보아야 한다.

☞  피고는 원고의 결손금 소급공제 신청에 따라 2007년 3월 무렵 2005 사업연도 법인세 약 37억 원을 환급하였음. 원고가 2016. 9. 1. 2005 사업연도 법인세에 대한 후발적 경정청구를 하자, 피고는 2016년 10월 무렵 위 후발적 경정청구를 받아들여 2005 사업연도 법인세에 국세환급가산금을 더한 약 40억 원을 환급하기로 결정하는 한편, 당초 환급세액과 그에 대한 이자상당액을 합한 약 75억 원을 2006 사업연도 법인세로 경정·고지하는 이 사건 처분을 하였음

☞  대법원은 2006 사업연도 법인세의 부과 및 징수처분에 해당하는 이 사건 처분은 그에 관한 부과제척기간이 경과한 이후에 이루어진 것이어서 위법하다고 판단한 원심판결이 타당하다고 보아 피고의 상고를 기각하였음