2017두51174   법인세등부과처분취소   (자)   파기환송  
[세무조사결과통지 후 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 이루어진 소득금액변동통지가 무효인지 여부]

◇과세관청이 법인에 대하여 세무조사결과통지를 하면서 익금누락 등으로 인한 법인세 포탈에 관하여 조세범처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분을 하였을 경우, 세무조사결과통지 후 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 그 익금 등의 소득처분에 따라 이루어진 소득금액변동통지가 무효인지 여부(원칙적 적극)◇
  사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 고려하여 보면, 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 등이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 세무조사결과통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것이다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 참조).
  한편 구 법인세법(2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제67조는 과세관청이 법인세 과세표준을 결정 또는 경정을 하면서 익금에 산입한 금액을 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타사외유출·사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득처분을 하도록 정하고, 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제1호 단서는 사외유출된 금액의 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보아 상여로 처분하도록 정하고 있다. 그리고 구 조세범처벌법(2010. 1. 1. 법률 제9919호로 개정되기 전의 것) 제9조는 사기 기타 부정한 행위로써 조세를 포탈한 자를 처벌하도록 정하면서, 제9조의2 제2호는 정부가 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정하면서 그 법인의 주주·사원·사용인 기타 특수한 관계에 있는 자의 소득으로 처분한 금액을 사기 기타 부정한 행위로 인하여 생긴 소득금액으로 보지 않는다고 정하고 있다.
  앞서 본 관련 규정의 문언과 체계, 입법 취지 등에 비추어 보면, 과세관청의 익금산입 등에 따른 법인세 부과처분과 그 익금 등의 소득처분에 따른 소득금액변동통지는 각각 별개의 처분이므로, 과세관청이 법인에 대하여 세무조사결과통지를 하면서 익금누락 등으로 인한 법인세 포탈에 관하여 조세범처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분을 하였더라도 이는 포탈한 법인세에 대하여 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제2호의 ‘조세범처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’에 해당할 뿐이지, 소득처분에 따른 소득금액변동통지와 관련된 조세포탈에 대해서까지 과세전적부심사의 예외사유인 ‘고발 또는 통고처분’을 한 것으로 볼 수는 없다.
  따라서 이러한 경우 과세전적부심사를 거치기 전이라도 소득금액변동통지를 할 수 있는 다른 예외사유가 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청은 소득금액변동통지를 하기 전에 납세자인 해당 법인에게 과세전적부심사의 기회를 부여하여야 한다. 이와 같은 특별한 사정이 없음에도 세무조사결과통지가 있은 후 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 이루어진 소득금액변동통지는 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 봄이 타당하다. 비록 소득세법 시행령 제192조 제1항에서 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정할 때 그 결정일 또는 경정일부터 15일 내에 배당·상여 및 기타소득으로 처분된 소득금액을 소득금액변동통지서에 의하여 해당 법인에게 통지하도록 정하였더라도, 이와 달리 볼 것이 아니다.
☞  과세관청이 원고에 대하여 세무조사통지를 하면서 익금누락 등으로 인한 법인세 포탈에 관하여 조세범처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분을 한 후 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 그 익금 등에 관하여 법인세·부가가치세 부과처분 및 소득처분에 따른 소득금액변동통지를 한 사안에서, 피고 동대문세무서장의 법인세·부가가치세 부과처분에 대해서는 납세고지서의 기재사항, 세무조사 유형 전환에 관한 통지, 세금계산서를 수수하지 않은 매입대금의 공급가액 계산 및 손금불산입에 관한 위법이 없다는 이유로 원고의 상고를 기각한 반면, 피고 서울지방국세청장의 소득금액변동통지에 대해서는 세무조사결과통지 후 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 그 익금 등의 소득처분에 따라 이루어진 소득금액변동통지가 원칙적으로 무효라는 이유로 파기환송한 사례