2018두57490   법인세부과처분취소   (카)   파기자판(일부) 및 파기환송(일부)
[과세전적부심사 계속 중 부과제척기간이 임박한 경우 과세전적부심사결정 전에 한 과세처분의 효력이 문제된 사건]

◇1. 과세처분 중 일부 직권 취소된 부분에 대하여 무효확인이나 취소를 구하는 소가 적법한지 여부(소극), 2. 증액경정처분이 있는 경우 증액된 세액 이외에 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 관하여 취소를 구할 수 있는지 여부(소극), 3. 과세전적부심사 계속 중 부과제척기간이 임박한 경우 과세전적부심사 결정 전에 한 과세처분이 당연무효인지 여부(원칙적 적극), 4. 과세소득의 존재 및 그 귀속사업연도에 관한 증명책임의 소재(=과세관청)◇
  1. 행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더는 존재하지 않는 것이고, 직권으로 취소된 처분에 관하여 무효확인이나 취소를 구하는 소는 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 하거나 과거의 법률관계의 효력을 다투는 것에 불과하므로 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두16879 판결, 대법원 2012. 12. 13. 선고 2012두18202 판결 등 참조).
  2. 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 되어 원칙적으로 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 납세자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 참조).
  그런데 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제22조의2 제1항은 “세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.”라고 규정하고 있다. 위 규정의 문언내용 및 그 주된 입법취지가 증액경정처분이 있더라도 불복기간의 경과 등으로 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 대한 불복을 제한하려는 데 있는 점을 고려하면, 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 관하여는 취소를 구할 수 없고 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 한도 내에서만 취소를 구할 수 있다 할 것이다(대법원 2011. 4. 14. 선고 2010두9808 판결 참조).
  3. 사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결 등 참조) 등을 고려하여 보면, 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 및 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것이다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 참조).
  4. 과세처분의 적법성에 대한 증명책임은 과세관청에 있으므로 어느 사업연도의 소득에 대한 과세처분의 적법성이 다투어지는 경우 과세관청으로서는 과세소득이 있다는 사실 및 그 소득이 그 사업연도에 귀속된다는 사실을 증명하여야 하며, 그 소득이 어느 사업연도에 속한 것인지 확정하기 곤란하다 하여 과세대상 소득의 확정시기와 관계없이 과세관청이 그 과세소득을 조사·확인한 대상 사업연도에 소득이 귀속되었다고 할 수는 없다(대법원 2000. 2. 25. 선고 98두1826 판결, 대법원 2007. 6. 28. 선고 2005두11234 판결 등 참조).
☞  (1) 과세전적부심사결정에 따라 2005년 법인세 부과처분 중 일부가 직권취소되었음에도 이 부분에 대하여 무효확인을 구하는 원고의 청구를 인용한 원심판결을 파기하고, (2) 2006년 법인세 본세 부과처분 중 증액경정처분에 의해 증액된 세액의 한도를 초과하는 부분에 대하여 취소를 구하는 원고의 청구를 기각한 원심판결을 직권으로 파기하고 원고의 청구를 각하하며, 2006년 법인세 가산세 부과처분 중 증액경정처분에 의해 증액된 세액의 한도를 초과하는 부분에 대하여 취소를 구하는 원고의 청구를 각하한 원심판결을 인용하고, (3) 구 국세기본법 시행령 제63조의14 제4항 단서에서 과세전적부심사의 청구에 대한 결정을 하기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정한 국세기본법 제81조의15 제2항 제3호에서 말하는 ‘국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 미만인 경우’인지의 판단 기준일은 ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날’일 뿐 ‘과세처분일’이라고 볼 수 없다는 이유로 과세전적부심사 계속 중 부과제척기간이 임박한 경우 과세전적부심사결정 전에 한 과세처분은 당연무효라고 판단한 원심판결을 인용하며, (4) 본안판단의 대상이 되는 2006 사업연도 법인세 본세 및 가산세 부과처분 중 일부 세액은 2006 사업연도에 귀속되지 않는 지체상금 관련 익금 등에 대한 것이라고 볼 여지가 있다는 이유로 지체상금 채무의 면제나 채권의 임의포기로 인한 익금 등의 귀속시기가 모두 2006 사업연도임을 전제로 한 원심판결을 파기환송한 사례